基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！

讲述了一个酷爱历史的小男孩—云小志，偶遇传说中的上古神兽白泽。小志发现白泽对他佩戴的祖父留下的一块古玉很感兴趣，但并不知道这块古玉真正的作用。于是小志用这块古玉诱惑白泽，带他亲眼见证各种历史人物的事迹，解答各种奇怪的问题，在过程中探究古玉的秘密。

企图占领地球的咒冥帝被打败掉进一座黑洞监狱——幽冥狱，发现了北斗星王关押着的三十六天罡星机械兽！咒冥帝便利用自己仅存的能力将机械兽逐一传送到地球夺取天罡星盘，企图利用天罡星盘帮助自己逃离黑洞。地球的守护卫士神兽战队的超人们获得了更强的星甲力量升级为神兽星甲战队，为保护地球与机械兽们展开了一场又一场的战斗！